SMP IT Al-Kautsar berawal dari sebuah yayasan bernama Al Kautsar, yang didirikan oleh H. Yulizar Uyun pada tahun 2003. Yayasan tersebut mendirikan sebuah lembaga pendidikan kanak-kanak yang bernama Taman Kanak-Kanak Islam Terpadu (TK IT) Al Kautsar yang bernaung di bawah Yayasan Al Kautsar.

Tahun 2010 berdiri lembaga pendidikan tingkat lanjut yaitu Sekolah Menengah Pertama Islam Terpadu (SMP IT) Al Kautsar yang juga berada di bawah Yayasan Al Kautsar.

Melihat fakta bahwa kebanyakan sekolah menempatkan mata pelajaran agama serta pendidikan akhlak pada kedudukan rendah di bawah mata pelajaran umum, maka berdirilah SMP Islam Terpadu Al Kautsar ini untuk hadir memberikan solusi atas permasalahan tersebut.

“Pihak yayasan menyadari bahwa bekal moral atau akhlak itu jauh lebih penting menjadi bekal anak di masa mendatang, dibanding hanya mengedepankan kecerdasan intelektual semata.” Namun tak serta merta visi SMP IT Al Kautsar melupakan sisi pemberdayaan intelektual anak dalam ilmu pengetahuan dan teknologi.